制药废水的水质特点使得多数制药废水单独采用生化法处理根本无法达标，所以在生化处理前须进行必要的预处理。根据制药废水的水质特点，在其处理过程中需要采用物化处理作为生化处理的预处理或后处理工序。
聚合氯化铝对于医药界的制药废水的处理过程是通过事先了解制药废水所含有的诸多污染物，通过聚合氯化铝絮凝分解其水中的有毒、有害和难以降解的微生物，逐渐缓解水中的污染，以达到一个净化的目的。由于制药废水中呈明显的酸、碱性，部分污水中含有过高的盐分，属于较为难处理的一种污水。
目前应用的物化处理方法主要包括混凝、气浮、吸附、氨吹脱、电解、离子交换和膜分离法等。混凝法处理制药废水是目前国内外普遍采用的一种水质处理方法，它被广泛用于制药废水预处理及后处理过程中，如聚合氯化铝、硫酸铝和聚合硫酸铁等用于中药废水等。高混凝处理的关键在于恰当地选择和投加性能优良的混凝剂。
制药废水絮凝剂的选择时，无机高分子絮凝剂优于无机低分子盐类絮凝剂。在无机高分子絮凝剂中。聚合硫酸铁与聚合氯化铝比较，聚合硫酸铁的COD去除率更高，沉降速度更快;但因聚合硫酸铝本身造色，其色度去除率不如聚合氯化铝PAC。聚合氯化铝和聚合硫酸铁与有机高分子絮凝剂配合能改善絮凝效果。但应先投加无机絮凝剂，再投加有机高分子絮凝剂。
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